의료법인은 비영리법인으로서 의료법인은 상속세 및 증여세법상 공익법인에 해당하는 바(상증법시행령 제12조4호) 의료법인의 목적은 의료사업외에 의료법상 정하여진 부대사업만 영위할 수 있고 또한 의료법인이 이를 직접 수행하여함이 원칙이다. 그동안 부대사업목적을 위하여 자법인 설립을 제한한 결과 부대사업 수행이 과도하게 제한돼 병원의 경영효율성과 수익성이 약화되고 의료연관산업의 부진을 초래하였다. 이러한 문제를 해소하기 위하여 정책적으로 규제돼 오던 의료기관의 부대사업목적을 위한 자법인 설립을 허용되어 앞으로는 의료법인의 부대사업이 활성화될 것으로 기대된다. 

* 자법인의 설립절차

1. 성실공익법인요건 충족확인
2. 의료법인의 정관변경
3. 보건복지부장간의 허가 (비과세요건임)
4. 자법인설립(상법상 설립절차에 따름) 

1. 자법인설립요건(성실공익법인요건)

의료법인이 부대사업목적의 자법인을 설립하기 위하여는 상속세 및 증여세법상 성실공익법인 요건을 충족하여야 한다.(상증법 제16조2항, 상증법시행령 제13조3항) 이는 자법인 설립 남용을 방지하기 위함이다.  

① 의료법인이 운용소득의 80%이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것
② 출연자 또는 그 특수관계인이 의료법인의 이사 현원의 5분의1을 초과하지 아니할 것
③ 외부전문가의 세무확인 또는 외부감사의 이행 (상증법제50조3항)
④ 공익목적사용 전용계좌 개설 및 사용(제50조의2)
⑤ 결산서류등(대차대조표, 손익계산서, 기부금 모집 및 지출내용, 해당 공익법인등의 대표자, 이사, 출연자, 소재지 및 목적사업에 관한 사항등)의 공시이행(상증법제50조의3,상증법시행령제43조의3)
⑥ 장부의 작성 비치(상증법제51조, 상증법시행령제44조)
⑦ 상증법 제48조3항에 따른 자기내부거래를 하지 않을 것(출연자 및 그 친족, 특수관계인, 출연자가 출연한 다른 공익법인이 출연한 재산을 정당한 대가없이 사용,수익하지 않을 것)
⑧ 상증법 제48조10항 전단에 따른 광고,홍보를 하지 않을 것(공익법인등이 특수관계에 있는 내국법인의 이익을 증가시키기 위하여 정당한 대가를 받지 아니하고 광고ㆍ홍보를 하지 않을 것) 

* 자법인을 설립하려는 의료법인은 미리 성실공익법인에 해당하는지 여부를 확인받아야 함. 확인관련 서류를 주무관청(보건복지부)에 제출하면 주무관청은 이를 매반기 종료일 30일이내에 (상반기 5월말, 하반기 11월말 )기획재정부에 송부하고 기획재정부장관은 성실공익법인요건의 충족여부를 확인하여 그 결과를 매 반기 종료일로부터 60일 이내에 주무관청, 해당공익법인 및 국세청에 통보 

* 성실공익법인 요건은 5년마다 재확인을 받아야 함.(상증법시행령 제13조5항) 

2. 자법인설립을 위한 의료법인의 정관변경 

의료법인의 정관에 자법인에 관한 사항이 없다면 정관변경절차에 따라 자법인 설립에 관한 사항을 기재하고 주무관청의 허가를 받아 정관을 변경하여야 한다.  

자법인을 설립하기 위하여는 정관상 자법인 설립을 통해 수행하고자 하는 부대사업의 종류 및 자법인 설립을 위한 투자조항이 규정되어 있어야 한다. 즉 정관의 목적에 부대사업을 기재한 후 부대사업을 위한 자법인 설립의 목적사항을 반드시 기재하고 자법인의 배당도 수입원으로 기재하고 기타 자법인 채무에 대한 보증금지, 이사의 겸직금지, 자법인에 대한 관리 감독등 자법인에 설립에 관한 내용도 기재하여야 한다.  

* 정관변경의 허가요건

① 자법인의 사업범위는 일정범위 부대사업에 한정, 자법인으로 인해 의료업 수행에 지장을 주지 않는 등 사업목적이 타당할 것
   - 자법인이 수행가능한 사업
의약품. 의료기기연구 개발, 의료관광(숙박업,외국인환자유치, 여행업,국제히의업) 및 의료기술활용분야(장애인보조기구등 맞춤 제조, 개조, 수리)등 의료서비스를 기반으로 타산업과 연계발전 가능한 사업에 한정
   - 의료업, 의료기기 임대 판매업, 의약품 및 건강기능 식품판매업등 불가
② 의료법인이 자법인의 사업내용을 사실상 지배할 것
   - 자법인 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 30이상을 보유 및 최다출자자일 것
③ 의료법인의 목적사업 수행에 지장이 없을 것
   - 자법인 출자비율은 의료법인의 순자산의 100분의 30 이내로 설정할 것
④ 의료법인과 자법인간 부당한 내부거래를 제한할 것
⑤ 의료법인과 자법인간 회계 및 지배관계가 명확할 것
   - 의료법인이 자법인으로부터 받은 배당이나 그 밖의 수익금은 의료법인의 고유목적사업에 사용
   - 의료법인의 자법인 채무에 대한 보증금지, 이사겸직금지의무명시
⑧ 자법인에 대한 관리 감독권한을 보유할 것
   - 자법인 회계장부 서류의 열람등사 자료제출요구권한을 가질 것 

3. 복지부장관의 허가(비과세요건)

상속세 및 증여세법상의 비과세요건(성실공익법인요건충족, 자법인이 의료법인의 출연자와 특수관계부존재, 공정거래 및 독점규제에 관한법률상 상호출자제한기업집단과 특수관계부존재)을 갖추고 보건복지부장관이 성실공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위해 필요하다고 인정하는 경우 의료법인이 자법인의 의결권 있는 발행주식의 총수등의 10%이상 취득하는 경우에도 비과세 함. 

허가요건은 정관변경 허가요건과 동일하며 정관변경허가와 동시에 진행하면 절차를 단축할 수 있다.