1. 설립시의 등록세등 세율
법인설립시의 등록세는 자본금의 4/1,000이고 교육세는 등록세의 20%이다. 다만 수도권과밀억제지역에서 법인을 설립하는 경우 등록세는 3배중과 된다. 따라서 등록세 세율은 자본금의 12/1,000원이다. 다만 첨단사업에 해당하거나 국가산업단지 또는 지방산업단지내에 설립하는 경우(업종제한이 있음)에는 중과되지 아니한다. 또한 설립 및 증자시의 최저등록세는 112,500원이므로 자본금으로 계산한 등록세가 112,500원원미만이면 112,500원을 내야 한다.(예를 들어 서울에서 1천만원의 자본금으로 회사를 설립한다면 세율에 의한 계산은 40,000원이나 최저 등록세는 112,500원이므로 결국 112,500원의 3배인 337,500원의 등록세와 67,500원의 교육세를 납부하여야 한다.)
<014. 1. 1. 지방세법개정으로 정액등록세등 인상함>

회사를 설립하는 때

(1) 일반적인 경우
일반적으로 수도권과밀억제지역 외에서 자본금이 5천만원인　주식회사를 설립하는 경우에는 지방세법 137조 1항에 의해 자본금의 1,000분의 4에 해당하는 등록세를 납부한다. 자본금이 5천만원이므로 납부하여야 할 등록세액은 200,000원이다. 이때 등록세액의 20%에 해당하는 교육세를 같이 납부하므로 이러한 회사의 설립과 관련하여 납부하는 등록세액 등은 총 240,000원이다.


(2) 창업중소기업에 해당하는 경우 등록세를 면제 받을 수 있어 사업목적에 따라 등록세 면제 가능하다
조세특례제한법에서 정한 일정한 창업중소기업에 한하여 등록세를 면제받을 수 있다.　창업중소기업란 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 조세특례제한법시행령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터운영관련업과 조세특례시행령법상이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 제한된다. 따라서 수도권과밀억제지역 외에서 회사를 설립하는 경우 회사가 조세특례제한법에서 인정하고 있는 창업중소기업인지를 먼저 검토해 보아야 한다.

수도권과밀억제지역외에서는 주식회사 뿐만 아니라 유한회사, 합명회사, 합자회사를 설립하는 경우가 종종 있는데, 이러한 회사의 경우에도 등록세 면제가 인정된다.

* 주식회사로 전환하는 경우는 면제되지 않아
다음과 같은 경우는 조세특례제한법에서 인정하는 사업목적내의 중소기업이라 하더라도라도 창업중소기업으로 보지 않기 때문에 등록세 등이 면제 되지 않는다.

가. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우
나. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우
다. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우
라. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

3. 수도권과밀억제억제지역 내에서 회사를 설립하는 때

1) 수도권과밀억제지역
가. 서울특별시
나. 인천광역시(강화군, 옹진군, 서구 대곡동, 불노동, 마전동, 금곡동, 오류동, 왕길동, 당하동, 원당동, 인천경제자유구역 및 남동국가산업단지는 제외한다)

다. 의정부시, 구리시
라. 남양주시(호평동, 평내동, 금곡동, 일패동, 이패동, 삼패동, 수석동, 가운동, 지금동, 도농동만 해당한다)

마. 하남시·고양시·수원시·성남시·안양시, 부천시·광명시·과천시·의왕시 ·군포시·시흥시(반월특수지역을 제외한다)　　

2) 일반적인 경우 등록세 3배 중과된다.
수도권과밀억제지역에서 자본금 5천만원의 같은 회사를 설립하는 경우 등록세가 3배 중과되므로 등록세 60만원, 교육세 12만원, 총 72만원의 세금을 납부한다. 지방세법 138조 1항에 의하면 수도권과밀억제지역 내에서 주식회사를 설립하는 경우에는 그 외지역에서 주식회사를 설립하는 경우보다 등록세를 3배 중과하기 때문이다.

3) 등록세중과 예외업종(지방세법시행령제26조)
제26조(대도시 법인 중과세의 예외)

① 법 제13조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 업종"이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다. 
1. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제2호에 따른 사회기반시설사업(같은 법 제2조제8호에 따른 부대사업을 포함한다)
2. 「한국은행법」 및 「한국수출입은행법」에 따른 은행업
3. 「해외건설촉진법」에 따라 신고된 해외건설업(해당 연도에 해외건설 실적이 있는 경우로서 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산만 해당한다) 및 「주택법」 제9조에 따라 국토교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 부동산만 해당한다)
4. 「전기통신사업법」 제5조에 따른 전기통신사업
5. 「산업발전법」에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 별표 1 제2호마목에 따른 첨단업종
6. 「유통산업발전법」에 따른 유통산업, 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따른 농수산물도매시장·농수산물공판장·농수산물종합유통센터·유통자회사 및 「축산법」에 따른 가축시장
7. 「여객자동차 운수사업법」에 따른 여객자동차운송사업 및 「화물자동차 운수사업법」에 따른 화물자동차운송사업과 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 물류터미널사업 및 「물류정책기본법 시행령」 제3조 및 별표 1에 따른 창고업
8. 정부출자법인 또는 정부출연법인(국가나 지방자치단체가 납입자본금 또는 기본재산의 100분의 20 이상을 직접 출자 또는 출연한 법인만 해당한다)이 경영하는 사업
9. 「의료법」 제3조에 따른 의료업
10. 개인이 경영하던 제조업(「소득세법」 제19조제1항제3호에 따른 제조업을 말한다). 다만, 행정자치부령으로 정하는 바에 따라 법인으로 전환하는 기업만 해당하며, 법인전환에 따라 취득한 부동산의 가액(법 제4조에 따른 시가표준액을 말한다)이 법인 전환 전의 부동산가액을 초과하는 경우에 그 초과부분과 법인으로 전환한 날 이후에 취득한 부동산은 법 제13조제2항 각 호 외의 부분 본문을 적용한다.
11. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 별표 1 제3호가목에 따른 자원재활용업종
12. 「소프트웨어산업 진흥법」 제2조제3호에 따른 소프트웨어사업 및 같은 법 제27조에 따라 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업
13. 「공연법」에 따른 공연장 등 문화예술시설운영사업
14. 「방송법」 제2조제2호·제5호·제8호·제11호 및 제13호에 따른 방송사업·중계유선방송사업·음악유선방송사업·전광판방송사업 및 전송망사업
15. 「과학관의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따른 과학관시설운영사업
16. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조에 따른 도시형공장을 경영하는 사업
17. 「중소기업창업 지원법」 제10조에 따라 등록한 중소기업창업투자회사가 중소기업창업 지원을 위하여 수행하는 사업. 다만, 법인설립 후 1개월 이내에 같은 법에 따라 등록하는 경우만 해당한다.
18. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」 제31조에 따라 설립된 한국광해관리공단이 석탄산업합리화를 위하여 수행하는 사업
19. 「소비자기본법」 제33조에 따라 설립된 한국소비자원이 소비자 보호를 위하여 수행하는 사업
20. 「건설산업기본법」 제54조에 따라 설립된 공제조합이 건설업을 위하여 수행하는 사업
21. 「엔지니어링산업 진흥법」 제34조에 따라 설립된 공제조합이 그 설립 목적을 위하여 수행하는 사업
22. 「주택법」 제76조에 따라 설립된 대한주택보증주식회사가 주택건설업을 위하여 수행하는 사업
23. 「여신전문금융업법」 제2조제12호에 따른 할부금융업
24. 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 실내경기장·운동장 및 야구장 운영업
25. 「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제14조에 따라 등록된 기업구조조정전문회사가 그 설립 목적을 위하여 수행하는 사업. 다만, 법인 설립 후 1개월 이내에 같은 법에 따라 등록하는 경우만 해당한다.
26. 「지방세특례제한법」 제21조제1항에 따른 청소년단체, 같은 법 제45조제1항에 따른 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체 및 같은 법 제52조제1항에 따른 문화예술단체·체육진흥단체가 그 설립 목적을 위하여 수행하는 사업
27. 「중소기업진흥에 관한 법률」 제69조에 따라 설립된 회사가 경영하는 사업
28. 「도시 및 주거환경정비법」 제18조에 따라 설립된 조합이 시행하는 같은 법 제2조제2호의 정비사업
29. 「방문판매 등에 관한 법률」 제38조에 따라 설립된 공제조합이 경영하는 보상금지급책임의 보험사업 등 같은 법 제37조제1항제3호에 따른 공제사업
30. 「한국주택금융공사법」에 따라 설립된 한국주택금융공사가 같은 법 제22조에 따라 경영하는 사업
31. 「임대주택법」 제6조에 따라 등록을 한 임대사업자가 경영하는 주택임대사업. 다만, 「주택법」 제80조의2제1항에 따른 주택거래신고지역에서 매입임대주택사업을 하기 위하여 취득하는 임대주택은 법 제13조제2항 각 호 외의 부분 본문을 적용한다.
32. 「전기공사공제조합법」에 따라 설립된 전기공사공제조합이 전기공사업을 위하여 수행하는 사업
33. 「소방산업의 진흥에 관한 법률」 제23조에 따른 소방산업공제조합이 소방산업을 위하여 수행하는 사업

* 특히 제1항5호의 경우 산업자원부 고시 제 2002-24호에 의한 첨단기술 및 제품의 범위에서 정한 업(2011.1.1. 개정)경우 등록세가 중과되지 않는다. 예를 들어 검퓨터 관련업종, 반도체 관련업종, 생명공학관련업종 등이다. 그 수는 너무나 많으므로 회사를 설립할 때 법무사와 상의하는 것이 좋다.
그런데 주의할 것은 등록세 중과 예외업종과 등록세 중과업종을 모두 회사의 사업목적으로 하는 경우 회사설립시에는 등록세중과의 예외가 되지 않는다는 것이다.

4) 벤처기업지정을 받는 경우는 등록세 면제된다.
수도권과밀억제지역 내에서 중소기업을 설립하는 경우에도 등록세 전액을 면제 받는 경우가 있다. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 창업중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 6월 이내에 행하는 법인설립의 등기를 하는 경우에는 등록세 전액이 면제된다.