1. 허가신청
의료법인을 설립하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 정관 기타 서류를 갖추어 당해법인이 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시도지사의 허가를 받아야 한다(의료법제48조1항) 현재는 시도지사가 다시 시 군 구청장에게 허가를 위임한 곳(서울 경기도등)이 많으며 지방에는 아직도 관할도청에서 허가사무를 관리하는 곳이 대부분이다. 다만 공공차관의 지원을 받아 설립하는 경우에는 보건복지부에서 허가를 받아야 한다.

2. 허가신청시 필요서류(의료법시행규칙 제34조)
1) 의료법인설립허가 신청서 1부
2) 설립발기인의 성명․주소․약력을 기재한 서류 1부(발기인명부)
 * 발기인이 법인인 경우 대표자의 주소 성명기재서류(법인등기부등본첨부)와 정관(조합규약)
3) 설립취지서 1부
4) 정관 1부(별첨 의료법인 정관예시 참고)
5) 재산의 종류 수량 금액 및 권리관계를 기재한 재산목록(기본재산과 보통재산으로 구분) 1부
6) 재산의 기부신청서(기부자의 인감증명서 및 재산에 관한 증빙서 첨부) 1부
7) 부동산․예금․유가증권 등 주된 재산에 관한 등기소․금융기관 등의 증명서 각1부(토지 건물등기부등본, 자동차등록원부, 예탁금잔고증명서)
8) 사업개시 예정연월일과 당해 사업연도분의 사업계획서 및 수지예산서 1부
9) 임원 취임예정자의 취임승낙서(인감증명서 첨부), 이력서(반명함판 사진 첨부) 및 기본증명서 각 1부
10) 설립발기인이 수인인 경우에 대표자에 의하여 신청되는 경우에는 다른 설립 발기인의 위임장 각 1부

*기타 실무상 필요서류
  출연부동산의 감정평가서
  부동산에 설정된 채무의 부채확인서 및 상환계획서등
  특수관계부존재각서

3. 허가신청시 서류의 작성
허가신청시 첨부서류는 의료법상의 요건에 맞게 작성하여야 하며 전문지식을 요하므로 전문가에 의뢰하시는 것이 좋습니다.

4. 설립허가 
 의료법인설립을 위한 허가신청서류를 접수하게 되면 보통 접수일로부터 20일이내에 허가또는 반려처분을 하게 된다. 허가관청은 인근지역의 의료수요 및 의료지원현황, 의료기관의 분포, 규모등의 적정여부와 의료기관 확충에 대한 정책적인차원에서 타당성을 검토하고 의료기관 운영능력과 재정적기초가 확립되어 있는지 여부를 심사한후 허가한다. 그리고 허가시 필요한 조건을 붙여 허가할 수 있다.

 * 실무상 대도시에서는 정책적으로 허가를 불허하는 경우가 있습니다. 그 이유는 보통 의료법인 허용취지가 농어촌등에 의료기관을 설립하기 위하여 법이 제정되엇다는 것과 병원등 의료기관이 많기 대문에 즉 1인당 병원수가 충분하다는 등의 이유를 들고 있습니다.