1. 행정사건의 관할

개정 행정소송법과 법원조직법에서는 행정사건도 3심제로(행정법원-고등법원-대법원) 하면서 일반법원인 하나인 『서울행정법원』을 설치하여 행정사건의 1심 사건을 담당하게 하였다. 다만, 행정법원이 설치되지 아니한 지역에 있어서는 행정법원이 설치될 때까지 『지방법원의 본원』이 행정법원의 권한에 속하는 사건을 관할토록 하였으므로 지방법원 지원에서는 행정사건 관할권이 없음(법원조직법 제40조의4, 법원조직법개정법률 부칙 제2조. 단, 춘전지방법원 강릉지원은 예외임.) 


2. 행정사건은 행정법원의 전속관할 

행정소송법에는 행정사건이 행정법원의 전속관할에 속함을 밝히는 규정이 없어 논란의 여지가 있으나, 성질상 행정사건은 행정법원의 전속관할에 속한다고 보아야 할 것이고 행정사건을 지방법원이나 가정법원이 재판하는 것은 전속관할 위반이 되고 절대적 상고이유가 된다고 보아야 할 것이다.

다만, 행정법원이 설치되지 않는 지역에서는 지방법원에서 처리하여야 하므로 관할위반의 문제는 생기지 않는다. 한편 "취소소송에서는 사실심의 변론종결시까지 관련 청구소송을 병합하거나 피고 외의 자를 상대로 한 관련청구소송을 취소소송이 계속된 법원에 병합하여 제기할 수 있다"고 규정하여 행정사건과 병합하여 관련 민사사건을 처리할 수 있다.(행정소송법 제10조 제2항). 


3. 행정소송의 토지관할

제1심의 관할 법원은 피고의 소재지를 관할하는 행정법원이다.(현재는 서울특별시를 관할하는 서울행정법원이 설치되어 잇다.) 다만 피고가 중앙행정기관 또는 그 장인 경우에는 서울행정법원이 관할함(행정소송법 제9조 제1항).

토지의 수용, 기타 부동산 또는 특정의 장소에 관계되는 처분 등에 대한 취소소송은 그 부동산 또는 장소의 소재지를 관할하는 행정법원에도 이를 제기할 수 있다.(같은 법 제9조 제2항).